Hlavní komponentou prototypu znalostní báze je ontologie (pojmový model) oboru organizace znalostí. Detailní specifikace tříd a predikátů v ontologii je k dispozici ke stažení v samostatném souboru. Základní strukturu ontologie tvoří čtyři kategorie: entita, proces, vztah, vlastnost. Tyto kategorie se odlišují mírou své existenční samostatnosti. Jediná entita může existovat samostatně. Proces potřebuje ke své existenci entitu (něco lze dělat pouze s něčím). Vztah může panovat pouze mezi (minimálně dvěma) entitami, procesy nebo vlastnostmi. Vlastnost musí být vždy vztažena k entitě, procesu nebo vztahu.
Kategorie se člení na fasety (v současné době obsahuje více než jednu fasetu pouze kategorie entita). Při definování faset byl použit princip 5W+1H (zkratka je vytvořena z prvních písmen anglických tázacích zájmen who – kdo, what – co, where – kde, when – kdy, why – proč, how – jak) s tím, že fasety místo a čas zatím nebyly použity.
Entita může existovat samostatně. Je definována prostřednictvím nejbližšího nadřazeného pojmu a druhových specifik (vlastností a vztahů). Pojmy na nejvyšší úrovni (top term) jsou definovány axiomaticky.
Člení se na šest faset: fasety 01, 02, 03, 04, 05, 06.
faseta 01 předmět– CO se organizuje.
Předmět organizace (tj. zaznamenané znalosti – zdroj, entita), včetně jeho prvků (např. lingvistické entity) a produktů (organizovaný zdroj, metadata).
faseta 02 nástroj – ČÍM se organizuje.
Nástroj organizace (věc), včetně systémů organizace znalostí, jazyků (úroveň slov), softwaru, technologií.
faseta 03 metoda – JAK se organizuje.
Metody, pravidla, principy organizace (procesní pohled).
faseta 04 formát – Struktura / formát / model.
Strukturní a konceptuální prvky organizovaných objektů a produktů organizace (např. entita, třída, kategorie – úroveň pojmů).
faseta 05 agent – KDO/CO organizuje.
Subjekt organizace. Instance pojmů v této fasetě zahrnuje třída Agent v modulu Nedokumentový zdroj / Pojmenovaná entita znalostní báze.
faseta 06 hledisko – HLEDISKO / PŘÍSTUP.
Obory a domény systémů organizace znalostí. Vymezení, v jakém rámci daný pojem platí.
Proces může existovat pouze ve spojení s nějakou entitou, ať už v pasivním nebo aktivním způsobu (např. katalogizace dokumentů, automatická indexace – tj. indexace pomocí počítače).
Obsahuje fasetu 07
faseta 07 činnost – CO SE DĚLÁ v průběhu organizace. Procesy, činnosti.
Vztah může existovat pouze mezi entitami, procesy nebo vlastnostmi.
Obsahuje fasetu 08
faseta 08 vztah – Vztahy
Vlastnost je vždy vztažena k nějaké entitě, procesu nebo vztahu.
Obsahuje fasetu 09
faseta 09 vlastnost– Vlastnosti
Jádrem struktury každé fasety je generická hierarchie (tzv. ISA hierarchie se striktní dědičností). Každý preferovaný termín je buď nejvyšším termínem v dané fasetě, nebo je genericky podřazen jednomu z preferovaných termínů v dané fasetě.
Pojmy jsou rozděleny na dvě skupiny – jádro oboru organizace znalostí a kontext oboru organizace znalostí. Do jádra jsou zařazeny pojmy, jež jsou zkoumány výhradně v rámci oboru organizace znalostí, kontext tvoří pojmy, jež jsou předmětem zájmu i jiných vědních disciplín (např. lingvistika, informační věda). Výjimku tvoří nejobecnější pojmy (kategorie), které jsou filozofickými kategoriemi: data (údaj), informace, znalost, vztah, význam – ty jsou zařazeny do jádra, protože tvoří jakýsi svorník pro specializovanou pojmovou základnu oboru, bez nějž by jednotlivé pojmy nedávaly smysl.
V ontologii je možné se pohybovat prostřednictvím faset v levé části stránky.